<foobar/>みたいに空要素の最後のスラッシュの前に半角スペースが入らないんですが。XSLTの属性などではどうにも出来ません。処理が終わった後のデータをこんな感じで置換しましょう。/>の前が半角スペース以外だったら半角スペースを足してあげます。
$data = preg_replace( "/(<.*?[^ ])\/>/is", "$1 />", $data );ねこめしにっきの記事によるとmethod="xhtml"という手もあるそうですが、XSLT2.0らしいのでPHPが使用するSablotronライブラリだと使うことが出来ません。
indent="yes"にしても綺麗にインデントされない。なんか中途半端になる。<xsl:template match="@*|node()">
<xsl:copy>
<xsl:apply-templates select="@*|node()"/>
</xsl:copy>
</xsl:template>「ほぼXHTMLなXML文章にしておいて特定の要素だけ書いて後はコピーで済ませよう」と思ってこの方式でノードをコピーしまくる場合（このサイトがそうです）空白が保持されれます。
<xsl:strip-space elements="*"/>で不必要な空白文字を飛ばしましょう。ただし、pre要素を使う時はインデントされるとタブが入ってしまうので注意。
pre要素つかえないじゃないですか。XSLTだけで解決する方法が思いつきませんでした。xml:space="preserve"とか使ってみたんですが、なんかうまくいかない……。
$data = preg_replace( "/<pre>\s*/is", '<pre>', $data );
$data = preg_replace( "/\s*<\/pre>/is", '</pre>', $data );やはり処理後のデータを置換するしかないようです。preタブの前後の空白文字を飛ばしてしまいましょう。
<div/>みたいになってしまうのですが。<xsl:if test="./@hoge">のような感じで中身があるときだけ書き出すようにしましょう。
$data = preg_replace( "/<(?!(br|hr))\S*? ?\/>/", "", $data );XHTMLでは属性を1つも持たない空要素はbrとhrだけなので、このように書いておけば一応消すことは出来ます。が、お勧めはしません。